Visualisación de Proteinas en presentaciones usando Beamer/Latex

Aunque no lo crean, podemos utilizar dinámicamente la visualización de una estructura 3D de una proteína o una molécula, dentro del ambiente beamer en látex.

Esto se logra primero, gracias a el un post que encontré en el siguiente blog

http://proteinsandwavefunctions.blogspot.com/2011/03/how-to-implement-jmol-in-beamer.html.

Y con el uso de Jmol  embebido en la presentación.

Los pasos son simples y los siguientes:

1.- Una estructura 3D de proteína, la cual se obtener como muchos saben en la base datos del pdb http://www.pdb.org/pdb/home/home.do. Ejemplo la estructura 3L61.

2.- Instalar Jmol. Los comandos varían de acuerdo a la distribución , en fedora un simple :
su -c 'yum install jmol'
En Ubuntu:
sudo apt-get install jmol
Para windows se debe descargar desde http://sourceforge.net/projects/jmol/
files/

3.- Ahora los archivos que se utilizan para visualizar son los .3ud, sin embargo jmol no puede transformar directamente desde pdf a .3ud, por lo que primeros transformaremos la estructura de .pdb a idtf.
     a).- Primero carga el pdb en jmol. en  file > open , buscas el archivo pdb y lo abres.
     b).- Luego de cargado el pdb, deberías visualizar la estructura tridimensional, aqui existen dos formas de transformar el archivo, uno es:
         En file>console, se abrira la consola de jmol.
            Luego escribe >> write ruta_archivo/nombre_Proteina.idtf o
         En file>export, se abre un dialogo donde selecciones idtf y luego buscas          tu guardas la estructura.

    Se crearan dos archivos, el proteína.idtf y proteína.idtf.tex, este ultimo te genera el código en látex, necesario para insertar el archivo u3d en beamer.

4.- Entonces utilizaremos el programa Universal 3D sample program , bajas el archivo del enlace y los descomprimes asegurate de tener instalado wine.
      En consola dirígete a la carpeta del archivo y busca el de nombre    IDTFConverter.exe en la carpeta U3D_A_061228_5\Bin\Win32\Release\ , luego utiliza la siguiente orden:

>> ./IDTFConverter.exe -dl 1 -i ruta_archivo/proteína.idtf -o ruta_archivo/proteína.u3d

      Este comando creara el archivo .3ud que es el que utilizara beamer.

6.- Una vez creado el .3ud , nos queda hacer nuestra presentación   y agregar el codigo que se encuentra en el archivo proteina.idtf.tex, el cual tiene lo siguiente, en el caso de la proteina 3L61.


\documentclass[12pt,letter]{article}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[3D]{movie15}
\usepackage{verbatim}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\begin{center}
\includemovie[
label=3L61,
autoplay,
repeat=1,
toolbar=false,
3Droo=283.25406,
3Dcoo= 0.0 0.0 0.0,
3Dc2c=0.0 0.0 1.0,
3Daac=16.260204,
% 3Droll=0.0,
3Dbg=0 0 0,
3Dlights=Headlamp,
inline=true,
]{0.9\textwidth}{0.9\textwidth}{3L61.u3d}
% \\
%\movieref[3Dcalculate]{3L61}{Click here!}
\end{center}
\end{document}
\begin{comment}

La parte resaltada en rojo corresponde al código para ingresar en la diapositiva  en beamer, en la parte que la necesitemos.

Importante es el paquete movie15, necesario para poder compilar, este se puede descargar aquí   movie15.sty tambien en algunos casos se necesita el ifdraft, al parecer este último sólo en windows usando miktex. El movie15.sty solo colócalo en la carpeta en la que estas haciendo la presentación y no deberías tener problemas.

Si todo sale bien, deberíamos tener nuestro pdf compilado y ahora necesitamos un visualizador con la capacidad de mostrar objetos en 3D.

7.- La mayoria de los visualizadores en linux, no permiten observar objetos en 3D generados por jmol, sin embargo es posible hacerlo usando el adobe acrobat reader, se recomienda la versión 8 de adobe, aunque no he testeado con uno más moderno, me resulta bien con este http://get.adobe.com/es/reader/otherversions/.

Listo con esto ya nos es posible agregar una visualización interactiva de una molécula o proteína en 3D, en nuestras presentaciones  usando Latex/Beamer.

Más información se puede encontrar en los siguientes links.

Pagina Original: http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/movie15/

Conversión de archivos idtf a u3d. http://wiki.jmol.org/index.php/File_formats/3D_PDF

Un ejemplo de una presentación, lo puedes descargar desde http://www.mediafire.com/?4kuxfte3o32766x

Algunas tomas de pantalla.-

Y un vídeo, de como se ve el artilugio.

Corrección , no se usa el jmol al abrir el pdf  si no que se ve el archivo 3ud que se creo, por lo que se puede mover, acercar y alejar, pero no usar funcionalidades de jmol en la presentación.